张承志的穆斯林宗教题材小说《心灵史》创作于1990年。1991年由广东花城出版社出单行本，后一再重印，累计发行4万余册。作品以19世纪前后200年间中国西北地区哲和忍耶教团发动叛乱与种族屠杀为线索，集中叙写了中国伊斯兰教在中国西北的一个苏菲教团——哲合忍耶教派七代导师（穆尔什德）及其信众“凄美悲壮”的“英雄故事”。作品一经发表就在伊斯兰世界引起极大回响，同时也在中国民众中引起广泛的争议。

《心灵史》是张承志最后一部小说，也是他最为读者熟知的一部宗教题材小说，如同这部作品出版时在读者中掀起的风浪一般，评论界也几乎完全划分为批判与称赞两级，正如张承志对质疑和批评的认识：“三重的保卫，拦不住一条魅人的道路。”张承志坚持在批评和质疑声音中继续张扬理想与信仰的宗旨，以完成他自我所意图实现的：“找到一条—– 自我批判与正义继承的道路。”张承志意图将《心灵史》打造为“哲合忍耶”的宗教史，在这部追求历史资料考据、注重史诗真相的小说中，其自身不断游离在历史和小说之间，张承志说道：“酝酿《心灵史》之际，我清醒地感觉到，我将跳入一个远离文学的海洋。” 这种远离最终反映在《心灵史》对长篇小说语言、形式的远离，即体现在直接纳入历史资料，并进行说明性、甄别性叙述，将许多定义、概念作为小说叙述的一部分。《心灵史》通过塑造英雄人物、刻画战争场面，在震撼、血腥的战斗场面中，将历史资料与小说虚构结合在一起，使宗教历史与小说叙事之间保持着平衡。小说中的马明心、马化龙是宗教圣人，也是领导农民、教民起义反抗的英雄人物，激烈的战争冲突与英雄人物的光辉形象使《心灵史》闪耀着英雄史诗的风采，“这是一部可歌可泣的英雄史诗，它由无数充满血性、坚守正义、奋勇赴死的个体构成” 。 张承志严谨、庄重地完成了对自我“母族”精神史的构建，《心灵史》是心灵史、政治史也是战争史、英雄史，原本“哲合忍耶”的教义宗旨是“隐忍”、“隐藏”，这个穷人的宗教在封建社会中遭受统治阶级的压迫，但他们一度拒绝叙述这段历史。张承志选择以皈依宗教的方式来完成《心灵史》，其目的不仅是对哲合忍耶伤痛历史的揭示，也是对自我的拯救：“决心以教徒的方式描写宗教，我的愿望是让我的书成为哲合忍耶神圣信仰的吼声。”张承志在悉知社会舆论、学界评论将会带来批评和巨大压力下，坚持选择高举人道、人权的大旗，创作出饱含争议的《心灵史》，作者的勇气和决心与《心灵史》庄重、崇高的气质一同构成这部小说的史诗性灵魂。正如张承志所言：“宗教的区别是次要的，人的信仰与否才是人美与丑的区别。”